Сейчас можно уверенно сказать одно: в ряде случаев камень, в т.ч. твердые породы, действительно был мягким. Причем в разных частях мира.
И был мягким в течение длительного времени, ибо сооружения из него строились не в один день. При этом он не должен быть раскаленным, как застывающая магма, ибо работать с такой субстанцией совершенно невозможно.
Варианта два:
1) Природный фактор
2) Искусственное размягчение
По поводу природного фактора современная геология говорит четко: не может быть, потому что не может быть. И точка. Возможно, геология не все знает. И она действительно не все знает. Но если мы хотим оставаться в рамках научного поля, должны придерживаться текущих представлений о геологии Земли без допусков "а вдруг..." и доморощенных теорий "диванных ученых".
Искусственное размягчение предполагает либо химическое (обработка камня реагентом) или направленное воздействие.
Версию про химические реагенты отметаем. Ну ладно, можно смазать поверхность камня и с ней что-то произойдет, допускаем. Но как реагенту проникнуть вглубь породы? Ведь видно, что камень вынимали из массива целыми блоками, в т.ч. на вертикальных поверхностях...Это точно не помет тукана 
Версия насчет направленного воздействия интереснее, ведь можно охватить значительную площадь породы и на значительную глубину. Эффект резонанса, разрушающий кристаллическую решетку породы?
Про резонанс в древности знали. В библейской истории про взятие Иерихона как раз о нем и идет речь, скорее всего:
Семь дней простояло войско евреев под Иерихоном. Город не сдавался. Библия указывает на божественное провидение. Будто бы Навин смог общаться непосредственно с самим Господом, который и вразумил его, как взять крепость. Для этого требовалось ежедневно обходить стены. Возглавляли процессию священники, среди которых были трубачи.
Звук труб был невыносим для слуха врагов. Трубачи трубили со всей силы целых семь дней. И все это время священники возносили молитвы к небесам. Наконец на исходе седьмого дня Иисус Навин подал знак — махнул рукой. И свершилось чудо. Могучие стены Иерихона обрушились. Войско евреев смогло ворваться в крепость через бреши и покорить твердыню.
Думаю, что в этом направлении надо рыть. Но опять же встает вопрос: кто научил индейцев этой фишке? Если, конечно, это делалось руками индейцев. Или под чьим руководством они это делали? Кто был прорабом?
Знать строение минералов, знать свойства звуковых волн, суметь создать источник резонанса из подручных средств - это вам не тукана напугать 
Да какая там проблема для человечества в существовании каких-то выбоин? Они что, жизнь отравляют?
Тебе лично не отравляют. Тебе и единомышленникам вполне достаточно простых объяснений. Туриндустрия мегалиты построила, чтобы с доверчивых туристов денежку собирать. Логично и понятно. Засим можно про сие забыть и пойти дальше копать картошку.
А кому-то отравляют. Не дают спать спокойно по ночам. Заставляют читать много книг, смотреть много фильмов и, что самое сложное - думать. Да, глупо, ведь это самое время можно было посвятить выращиванию картошки...